Andes cắt qua nhiều khu vực sinh thái thực vật và tự nhiên kéo dài từ Venezuela thuộc Caribbe đến khu vực Cape Horn lạnh, gió và ẩm ướt băng qua sa mạc cực kỳ khô hạn. Rừng mưa bao bọc nhiều khu vực của miền bắc Andes nhưng hiện tại đã suy giảm, đặc biệt ở Chocó và các thung lũng nội Andes ở Colombia. Phần đối diện trực tiếp của các sườn Andes ẩm là các sườn Andes tương đối khô ở hầu hết miền tây của Peru, Chile và Argentina. Dọc theo một số Interandean Valles, chúng đặc trưng bởi các rừng cây rụng lá, cây bụi và xeric, kéo dài đến tận cùng trong các sườn núi gần sa mạc Atacama không có sự sống.

Có khoảng 30.000 loài thực vật có mạch sống trong Andes với gần phân nửa là loài đặc hữu của vùng này, vượt lên trên bất kỳ điểm nóng đa dạng sinh học khác.[15] Loài cây nhỏ Cinchona pubescens là nguồn cung cấp quinine, một chất được dùng để điều trị bệnh sốt rét, được tìm thấy khắp nơi ở Andes kéo dài đến tận phía nam của Bolivia. Các loài nông sản quan trọng khác có xuất xứ từ Andes như là thuốc lá và khoai tây. Các rừng cây Polylepis ở độ cao lớn được tìm thấy ở một số khu vực của Andes thuộc Colombia, Ecuador, Peru, Bolivia và Chile. Các cây này, địa phương gọi là Queñua, Yagual và nhiều tên khác, có thể được tìm thấy ở các cao độ 4.500 m (14.760 ft) trên mực nước biển. Vẫn là điều chưa rõ ràng rằng liệu sự phân bố loang lổ của những rừng cây này là tự nhiên hay là kết quả của quá trình phá rừng bắt đầu trong suốt thời kỳ Inca. Bất kể điều đó, sự phá rừng trong thời kỳ hiện đã tăng tốc, và các loài cây này hiện được xem là có nguy cơ tuyệt chủng cao, với khoảng ít nhất là 10% các loại rừng cây gỗ nguyên thủy còn tồn tại.[16]